Відповідно до ст.39 Статуту НФПУ керівними виборними органами НФПУ є:

З’їзд НФПУ – вищий керівний виборний орган НФПУ, який скликається Радою не рідше одно разу на 5 років;

Рада НФПУ – обирається З’їздом на термін 5 років. Чисельний склад Ради визначається З’їздом з розрахунку не менше 2 представників від кожної профспілки всеукраїнського статусу, що є членською організацією НФПУі додатково 1 представник від 200 тисяч членів профспілки, а також не менше 2 представників від кожного територіального об’єднання профспілок. Рада підзвітна З’їзду. До складу Ради за посадою входить Голова НФПУ.

Президія НФПУ – формується з членів Ради НФПУ на термін повноважень Ради делегуванням одного представника від однієї членської організації НФПУ і підзвітна Раді та З’їзду. До складу Президії НФПУ за посадою входять Голова НФПУ та заступники голови НФПУ.

Контрольно-ревізійна комісія НФПУ – обирається З’їздом на термін 5 років і підзвітна З’їзду.

Мандатна комісія НФПУ - обирається З’їздом на термін 5 років і підзвітна З’їзду.

Вищою посадовою особою НФПУ є Голова НФПУ, який обирається З’їздом на термін 10 років. Голова НФПУ підзвітний та підконтрольний З’їзду і несе персональну відповідальність за здійснення наданих йому повноважень.